江西省退化生态系统修复与流域生态水文重点实验室在江西省科技厅和南昌工程学院的领导下，根据《江西省重点实验室管理办法》，依靠管理委员会和学术委员会开展管理和评审工作；根据学科方向设立专业研究室，开展相关研究工作，根据研究工作需要建立若干专业实验室；研究室人员由专职研究人员和兼职研究人员组成，并通过开放基金吸收国内外相关研究力量。重点实验室组织机构：（1）管理委员会，设主任1 名，副主任1 名，并下设管理办公室；（2）学术委员会，设主任委员1 名、副主任委员2 名、委员若干名；（3）设立3 个专业研究室，每室设主任1 名；（4）建立3 个专业实验室，每室设主任1 名。